边境牧羊犬目前AKC承认的颜色有黑色、黑色 merle、红色、红色 merle及其相应的双色。其中红色的范围从浅金色到深朱砂色;斑点merle(spotted merle)和可乐色(coffee and cream)是错误色,不具备繁殖价值。
双色犬只毛发为一种基色加白色,常见于口吻、胸膛、腿和尾巴尖。红色双色犬只有时毛发色彩极淡以至于看起来几乎全白,这类犬只被称为“白黑”(white blaze in black)。Merle犬只毛发为基色加同一色调的斑点。常有蓝眼睛或双色眼(一个深色一个浅色)。Merle犬只有时带有面具(mask),指犬只口吻部位基色覆盖了Merle斑,这一点与贵宾犬的斑点不完全相同。